O cálculo de descontos funciona segundo os parâmetros legalmente impostos, possuindo para isso, algumas automações tais como:

Imposto sobre o Rendimento
O I.R.S. é calculado em cada recibo em função da tabela que se encontra na ficha do respectivo Funcionário ou da taxa fixa definida na tabela de IRS.

O valor base sobre o qual é calculado o Imposto é o total dos códigos configurados com sujeito a IRS.

Sobre o total destes vencimentos será aplicada a respectiva taxa resultante da tabela que está na ficha do Funcionário ou na tabela de Códigos da Segurança Social.

Imposto s/ o Rendimento de Subsídio de Férias ou Natal
Quando calcula a taxa a aplicar sobre o valor de cada recibo referente ao subsídio de férias ou natal, o programa verifica o valor do subsidio e a tabela de irs respectiva para calcular a percentagem de irs a aplicar no respectivo subsidio. Este funcionamento é aplicado quer o funcionário tenha um subsidio personalizado, duodécimos ou normal.
Tal justifica-se uma vez que, por exemplo, se pagar o subsídio em duas vezes, a taxa a aplicar será a taxa do total do subsídio aplicada sobre cada metade e não a taxa equivalente a metade do subsídio.

Este IRS dará origem a uma linha própria no recibo. Assim, se porventura pagar no mesmo recibo o vencimento e algum subsídio, então, do lado dos descontos oficiais, aparecerão duas linhas com IRS, a primeira para o IRS do vencimento daquele recibo, a outra para o IRS dos subsídios.

Segurança Social / Taxa Social Única
A contribuição para a Segurança Social é calculada em cada recibo em função da taxa que se encontra na ficha do respectivo Funcionário, ou seja, deve ser colocada na ficha do Funcionário qual a taxa que ele desconta para a Segurança Social (normalmente 11%). Também a taxa que a Empresa paga (normalmente 23.75%) deve ser incluída na ficha do Funcionário, pois para cada tipo de taxa ( situação especial ) deve, mais tarde, ser emitido um mapa de remunerações diferente.

O valor base sobre o qual é calculado o Imposto é o total dos códigos configurados com sujeito a SEGURANÇA SOCIAL.

Quota Sindical
A quota sindical é calculada em cada recibo em função da taxa que se encontra na ficha do respectivo Funcionário, ou seja, se existir na ficha do Funcionário um valor no campo da quota sindical, significa que o Funcionário desconta para o sindicato, sendo esse valor descontado do ordenado.

Sobre o total dos vencimentos que tenham activa a opção este é um código que conta para o cálculo da quota sindical, será aplicada a taxa constante da ficha do Funcionário.

Outros descontos
Quanto a outros descontos a realizar a Funcionários deve ter em atenção que, se esse desconto está sujeito a impostos, como por exemplo desconto por faltas, então deve ser registado como uma remuneração negativa. Caso contrário, por exemplo no caso de desconto por empréstimo realizado, o valor deve ser registado como um desconto normal, na coluna dos descontos.

Ajuste de I.R.S.
Todos os anos existem sempre, nos primeiros meses, incorrecções no cálculo do I.R.S.. Em Fevereiro ou Março estas incorrecções devem ser corrigidas no cálculo do ordenado do Funcionário. Tal correcção deve ser sempre processada como um desconto, com um valor positivo ou negativo conforme o ajuste seja desfavorável ou favorável ao funcionário. Este ajuste deve ter um código de desconto igual a 501, ou seja, o mesmo que o desconto por I.R.S.. De outra forma, não será utilizado nos cálculos de totais descontados de I.R.S..

O utilizador deve determinar para cada funcionário o valor do ajuste de IRS e introduzir no processamento na zona de descontos não sujeitos a descontos oficiais.